黑之书的克隆被分发给乞丐和穷人希望能找到一个原型Gestalt,尼尔和他的妹妹也拿到了一本，然而看到不少与黑之书签订契约的人被剥离后的灵魂暴走，尼尔带着妹妹逃离了新宿 。
然而尼尔的妹妹尤娜染上了WCS, 世界净化阻止允诺尼尔如果他愿意自己的灵魂被抽取成为Gastalt,他们会冰封尤娜直到1000年后Gestalt计划彻底成功 。为了拯救尤娜，尼尔和黑之书签订了契约，他成为了原型Gestalt和魔王向Gestalt计划持续提供玛索 。
2764年，在机器人指令下不停与军团战斗以及清除玛索残余的复制人逐渐产生了自我意识 。
3276年，一个想要拯救爱人的复制人带着爱人的尸体去了红眼被杀死的地方，耶路撒冷，希望那儿残留的白色迷雾能让他的爱人复活 。从雾中出来的爱人眼睛却变成了红色，并且瞬间杀了这名青年，新一代红眼就此诞生 。
3287年， 复活的红眼持续进攻复制人，然而有着一名机器人和4名复制人的小队经过艰苦战斗最终除掉了红眼，同时地球上最后一点玛索残余也被清除成功，净化成功结束 。
3288年，净化后人类灵魂逐渐苏醒，然而当他们找到自己的复制体想要植入灵魂时，复制人却把这些灵魂当成怪物(他们的外表就是shade)，人类(shade)和复制人的大战就此展开 。然而也有少数机器人管理者统治的地方复制人成功接受了人类的存在，并且让他们在自己体内被唤醒，而这些人也成为了机械纪元里仅存人类的祖先(推测) 。
3300~，尽管有尼尔提供玛索，没有找到身体的人类灵魂还是不停狂化，见此情况尼尔日渐怀疑尤娜究竟能不能被治好,他决定自己采取行动
尼尔R剧情故事
之后Nier Replicant游戏的故事发生，简单来说来自旧世界的机器人管理者Devola和Popola察觉到人类在狂化的威胁下濒临灭绝，无奈之下她们让照顾感染有黑纹病(1)的复制体尤娜的复制体尼尔找到白之书，寄希望融合白/黑两书能让人类灵魂强行植入复制人体内 。随之复制体尤娜被魔王(尼尔本人)绑走，希望能将真尤娜的灵魂传输到复制品尤娜的身体里 。为了救出尤娜，尼尔复制品联合了半人半shade的凯恩，看上去是个小男孩实为秘密武器的埃米尔花费5年时间找到了魔王，此时尤娜的灵魂已经进入了她的复制品身体中，但是感受到复制品对哥哥的思念，她放弃了占有就此死去 。决战过后凯恩WCS发作，为了拯救凯恩尼尔复制品牺牲自己，醒来后的凯恩和尤娜就此彻底忘记了尼尔，仿佛他不曾存在过一般(结局D)，而魔王尼尔的死亡也让Gestalt计划彻底破产，所有原型人类失去玛索的供给加速死亡 。
1.黑纹病：原型狂化的复制品会逐渐感染此病，全身被黑色文字缠绕直至死去
紧跟在结局D的结局E中，3473年凯恩在森林中发现了一座铁塔，铁塔的作用是在现有复制人的基础上制作新的复制人，确保Gestalt计划能继续下去 。在塔内凯恩结识了一个自称是森林看守者的年轻人，他说他的存在和白/黑之书类似，并且指出这座森林是古代人类研究恶魔元素(玛索)的场所 。随后他暗指这个地方的时间所剩无几，销毁程序已经开始了 。埃米尔帮助凯恩摧毁了铁塔，与此同时看守者不停的向凯恩提起一个她怎么也想不起来的人 。最后看守者断言这个世界是个失败品，最终到达能量源头的凯恩和重新制造出来的尼尔复制体团聚 。
尼尔机械纪元故事背景
4198年，最后一个人类灵魂消散，存活下来的人类只有之前和复制品成功结合的一小部分 。
5012年，地球被外星人(!!!)入侵，太空大战就此展开 。埃米尔成功复制了超过8500多万个自己以抵抗外星人 。机器生命逐渐占领地球，机械纪元中的机器生命正是由外星人所操控的 。
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