卫匡国来华不久 ， 中华大地发生了惊天动地的变化 ， 先是李自成攻破北京 ， 灭亡明朝 ， 紧接着满清入关 ， 成为中国的统治者 ， 并与南明各势力展开统一战争 。作为这段历史的亲历者 ， 卫匡国广泛收集各种资料 ， 写成《鞑靼战纪》一书 ， 并在欧洲出版 。
【西方中国地理学之父卫匡国：与中国的不解情缘】这是世界上最早关于明清战争的书籍 ， 让西方人得以了解这场大变局的前因后果 。而且卫匡国作为外来人 ， 没有各方势力的微妙关系 ， 因而可以奋笔直书 ， 还以客观的视角 ， 评述历史的发展 ， 因此具有很高的史料价值 。史学家方豪就指出：“所记至详 ， 直言不隐 ， 足补我国正史之阙略” 。
在欧洲期间 ， 卫匡国还撰写了《中国上古史》和《汉语语法》两部书籍 。第一本是关于中国历史的著作 ， 年代起始从盘古开天 ， 止于汉哀帝元寿二年（公元前一年 ， 即当时教会认定的耶稣降生前） ， 全书分10卷 ， 卷末附编年表 。这是西方学者写的第一部系统向欧洲介绍中国的历史著作 。第二本则为学习汉语的工具书 ， 是当时西方人学习汉语文法最早的参考书之一 。
1657年 ， 卫匡国启程返回中国 ， 同上次一样 ， 他再次遇到了风暴 。当船航行到今天印尼望加锡一带时 ， 海上刮起了大风 ， 水手们吓得手足无措 。而此时身患重病的卫匡国却奋勇地站起来 ， 亲自驾驶船只 ， 安然地驶离了风暴区 ， 挽救了全船人的生命 。看来卫匡国不仅是位学者 ， 还懂得航行技术 ， 真是不可多得的人才 。
来到中国后 ， 卫匡国先是前往北京 ， 觐见顺治皇帝 ， 分享他的各种奇妙故事 。之后回到第二故乡杭州 ， 负责教会事务 。他在1661年 ， 在此建立一座雄伟教堂 。可不幸的是 ， 由于霍乱流行 ， 卫匡国不幸遭到感染 ， 于是年安息 ， 年仅47岁 。
卫匡国安息后 ， 被安葬于老东岳大方井天主教墓地 。1678年 ， 由于原来墓地过于潮湿 ， 教会就把传教士遗体迁葬到新墓地里 。可当打开卫匡国棺材时 ， 不可思议的一幕出现了 。卫匡国的遗体除了一只耳朵外 ， 居然保存完好 。于是有些信徒就把他当做圣物崇拜 ， 供奉在教堂里 ， 来朝拜者络绎不绝 。史载：“年中屡有人为之剪发修指甲 ， 盥面整容 ， 卧于木椅上 ， 置于上层堂角 ， 作共同祈祷状者” 。可估计是上主不允许这种错误的崇拜 ， 卫匡国的尸体很快就开始腐烂 ， 最终只好安葬回墓地里 。
卫匡国墓位于西湖区留下镇新凉亭桃源岭北麓 。墓园占地148平方米 ， 墓室坐东朝西 ， 呈长方形 ， 长6.4米 ， 宽4.4米 ， 墙面青石错缝砌 ， 穹隆形墓顶 ， 上竖“十字架” ， 前有神道、照壁与石牌坊 。墓系1985年重修 。
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