红薯贮藏期间正是严冬，寒冷季节，保持适宜的温度是安全贮藏的关键 。目前，贮藏红薯普遍采用窖藏的方法 。因窖藏能利用地下热和薯块的呼吸热来保温防冻，比较安全 。
红薯贮藏时间较长，多达4-5个月，入窖前，一定要严格挑选，剔除破伤薯、病虫薯、裂薯及受冻薯等 。入窖前要在窖底和窖四周铺垫干草 。贮藏期间一定要专人管理，勤加检查 。管理工作主要是调节窖内温度，防止病害发生，并必须根据贮藏期的三个不同阶段做好管理工作 。
【红薯窖藏方法】1、贮藏初期 。入窖后的20-30天内称发汗期，要以通风、降温、散湿为主 。因初期薯块呼吸旺盛，窖温较高，湿度也大，必须注意通风散热，不要封闭窖门 。待到窖外气温接近10℃时才可以封窖，使窖温稳定在12-14℃，相对湿度保持在80%左右 。
2、贮藏中期 。入窖后的30-40天至翌年温度回升之前称越冬期，管理工作要以保温防寒为中心 。因此阶段薯块呼吸减弱，发热量少，外界气温又低，因此，窖外必须加厚土层，严封窖门；窖内要盖草保温，保持窖温在12-14℃之间，并要防止雨雪渗入和老鼠为害 。
3、贮藏后期 。开春以后，气温回升之时称回暖期 。窖内经过冬季封窖；氧气缺乏，薯块生活力有所降低，如遇高温很容易感病，并会迅速蔓延 。这个阶段管理工作要以通风换气、稳定窖温为主 。在保持窖温12-14℃的前提下，减少覆盖，逐渐打开窖门，加强通风换气，保持薯块正常呼吸 。但此时的天气时冷时热不稳定，随时注意保温和散热 。
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