是否有区别要看所在城市的政策，在都是买住宅的情况下，在有契税优惠政策的城市，二套房的契税就有可能比三套房少，如果在没有契税优惠政策的城市的话，二套房契税一般都和三套房一样 。原则上二套房，三套房及以上房产的契税均按百分之三征收 。
二套房和三套房的区别1、贷款限制不同：在满足一定条件情况下，二套房是可以申请公积金贷款的，但是购买三套房是不能申请公积金贷款的 。
【二套房三套房契税有多大区别】2、定义不同：二套房是指以借款人家庭(包括借款人、配偶及未成年子女)为单位认定的，借款人家庭人均住房面积高于当地平均水平的，再次向商业银行申请住房贷款的房贷房 。第三套房也是按家庭，不能证明是二套房的，那就是第三套房 。
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