1255年条顿骑士团征服了普鲁士的特旺斯特，并在此地建立一个军事要塞，这就是柯尼斯堡 。此后，条顿骑士团以柯尼斯堡为基地，向桑比亚半岛和立陶宛大公国等地区扩张，并在此建立了条顿骑士团国 。在宗教改革中，路德宗在柯尼斯堡逐渐占据主要地位，1525年条顿骑士团大团长阿尔布雷希特宣布普鲁士改宗路德宗，条顿骑士团国世俗化成为普鲁士公国 。
柯尼斯堡作为普鲁士的首都，是普鲁士最大的城市和港口，拥有很大的自主权，因此成为当时的商业贸易中心 。1701年腓特烈三世在柯尼斯堡城堡加冕，成为普鲁士国王腓特烈一世，普鲁士公国升级为普鲁士王国 。原来普鲁士公国则成为普鲁士省，柯尼斯堡是其首府 。普鲁士国王的主要居住地也移到了柏林和波茨坦，柯尼斯堡不再是普鲁士的政治中心 。
在1758年的七年战争中，俄罗斯帝国曾占领东普鲁士，女皇伊丽莎白·彼得罗芙娜宣布将柯尼斯堡并入俄罗斯 。因此在1758年至1762年间，来自俄罗斯的五名总督负责管理柯尼斯堡 。在1773年三国瓜分波兰后，柯尼斯堡成为东普鲁士省的首府 。1871年，在由普鲁士人领导的德意志统一过程中，柯尼斯堡成为德意志帝国的一部分 。
随着柯尼斯堡连接柏林和圣彼得堡铁路的开通，通往皮劳的运河建成，柯尼斯堡的商业和贸易得到迅速发展 。在第一次世界大战中德国战败，建立魏玛共和国，领土遭到瓜分，把原属波兰的领土归还，包括西普鲁士、波森省、部分东普鲁士及部分上西里西亚 。柯尼斯堡和东普鲁士与魏玛共和国的其余部分被波兰走廊分隔开 。二战前，柯尼斯堡成为德国第一军区司令部所在地，负责整个东普鲁士的军事防务任务，在此驻防的军队有第1步兵团和第61步兵团 。
英国首相丘吉尔曾在回忆录中评价柯尼斯堡为“现代化重型防御堡垒” 。因此，在二战中柯尼斯堡遭到盟军猛烈的轰炸，城市遭受重创 。1945年4月9日，柯尼斯堡被苏联红军占领 。1945年，根据《波茨坦协定》，德国将柯尼斯堡及周边地区划归苏联 。苏联为了不归还占领的波兰领土，将波兰国土西部边界整体向西推进200公里，也就是把德国的波美拉尼亚和西里西亚地区割让给波兰作为补偿，但总体来说波兰国土还是比战前少了，因为苏联占领的那块比从德国割占的那块要大 。
苏联占领柯尼斯堡以后曾将其更名为基奥尼斯堡，后来为了纪念苏联最高苏维埃委员会主席米哈伊尔·加里宁，将柯尼斯堡更名为加里宁格勒 。苏联占领柯尼斯堡以后，为了加强对柯尼斯堡的管理，将原来的德国居民一部分遣返到盟国占领区，其余的则发配到苏联的西比利亚地区，因此加里宁格勒的德国人已经被俄罗斯人全完取代，德语也被俄语取代成为当地语言 。
对于视出海口为生命的苏联，战后对加里宁格勒进行重建 。在冷战中成为重要的战略地区，波罗的海舰队的总部在1950年代就位于加里宁格勒 。因为其重要的战略地位，加里宁格勒曾经不对外国人开放 。现在加里宁格勒成为俄罗斯西部重要的出海口，对于打破西方国家围堵和封锁起着重要的作用 。虽然格尼斯堡曾是德国的领土，但是二战后被割让给苏联，即使现在德国想要回已不可能 。
因为这是对当时国家法的打破，一战后德国就是因为不满协约国对德国的制裁，发动了第二次世界大战，结果德国再次战败，国家被占领，领土被分割 。德国二战后反省的很深刻，不但向受害国认罪，也对受害国做出了相应的赔偿，但是现在德国要想继续发挥大国的作用已不可能通过军事手段来进行，而是利用欧盟的力量 。德国通过主导欧盟事务，可以利用欧盟整体的实力来跟俄罗斯抗衡 。
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