在第一次座谈会上，王志珍院士就疾呼：应该要坚决反对、坚决摒弃我们当今社会里头评奖、评项目当中需要走后门、搞小团体、搞桌子下面那些很不好的事情 。好像不去做那些事情，不低下头来，你就拿不到一样 。我们要能够做出一种新的、真正讲究科学的奖励来 。
候选人从何而来？是通过单位或者社会机构提名推荐，还是个人申报？
一位科技界管理者直言，不要高估单位、行政部门或者是学会、协会的“权威度”，因为这种部门倾向越来越严重，都想推自己的人上去 。如果通过行政部门推荐，则很可能让这个奖变成了一顶新的帽子，而且容易论资排辈，搞平衡，从而失去意义 。
一番激烈讨论后，提名的标准并未敲定，但与会人员一致认为，学者个人推荐，不管是院士，还是对青年人更加了解的院系主任、科研院所所长，都应该是他们作为学者身份的个人推荐 。
因为，提名的核心就是，谁提名谁负责 。这意味着，提名人将用自己的声誉为候选人背书 。
“但是也应该允许个人报名 。科学探索奖不是甄选院士，是选拔年轻人，而不是到了一定程度再去遴选”，中国工程院院士程泰宁提出，而且年轻人不一定都认识院士，如果只是提名制，很可能把一些有潜力、知名度不高的人排除在外了 。
“个人报名可以，重点要看proposal，写一个好的proposal是最高的门槛 。”美国科学院院士、北京大学讲席教授谢晓亮表示，一个proposal里的idea很重要，但是一些年轻人的idea很可能是以前跟着别人做的，这就需要甄别，对评审要求就变得非常高 。
另外，大家一致同意，对于出现学术道德问题的候选人或者获奖人，都将一票否决 。
最终的评审细则将在汇总各方专家意见后，于2019年1月初正式公布 。
为保证整个奖项运作，科学探索奖的评审最终突出强调，评审机制、流程和结果，真正由科学家们“说了算”，汇聚学者的智慧、品格、专业眼光和判断，不唯出身、不唯帽子、不唯派系，才能选出正确的获奖人 。
11月9日，作为科学探索奖的发起人，饶毅、杨振宁、毛淑德、何华武、邬贺铨、李培根、陈十一、施一公、高文、程泰宁、谢晓亮、潘建伟，科学探索奖顾问委员会主席徐匡迪，分别寄语青年科学家，为国家的发展做出重要的贡献，为国家引领世界作出重要的贡献 。
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