阿特舒尔表示， 计算结果出来得非常快， “你可以输入搜索内容， 喝一口咖啡， 搜索就完成了 。 ”但更重要的是， BLAST很容易使用 。 在一个通过邮寄更新数据库的时代， 沃伦·吉什建立了一个电子邮件系统， 后来又建立了一个基于网络的架构， 允许用户在NCBI计算机上远程运行搜索， 从而确保搜索结果始终是最新的 。
哈佛大学的计算生物学家肖恩·艾迪表示， BLAST系统为当时处于萌芽阶段的基因组生物学领域提供了一个变革性的工具， 即一种根据相关基因找出未知基因可能功能的方法 。 对于各地的测序实验室， 它还提供了一个新颖的动词 。 “它是众多由名词变成动词的例子之一， ”艾迪说， “你会说， 你正准备BLAST一下你的序列 。 ”
预印本平台：arXiv.org （1991年）
20世纪80年代末， 高能物理学家经常将他们已投稿的论文手稿副本邮寄给同行， 征求他们的意见——但只发给少数人 。 物理学家保罗·金斯帕格在2017年写道：“处于食物链较低位置的人依赖于一线研究者的成果， 而非精英机构中有抱负的研究人员则往往身处特权圈以外 。 ”
1991年， 当时在新墨西哥州洛斯阿拉莫斯国家实验室工作的金斯帕格编写了一个电子邮件自动应答程序， 希望建立一个公平的竞争环境 。 订阅者每天都会收到预印本列表， 每一篇都与文章标识符相关联 。 只需通过一封电子邮件， 世界各地的用户就可以从实验室的计算机系统中提交或检索论文， 并获得新论文的列表， 或按作者或标题进行搜索 。
金斯帕格的计划是将论文保留三个月， 并将内容限制在高能物理学界 。 但一位同事说服他无限期地保留这些文章 。 他说：“就在那一刻， 它从布告栏变成了档案馆 。 ”于是， 论文开始从比各个领域如潮水般涌来 。 1993年， 金斯伯格将这个系统迁移到互联网上， 并在1998年将其命名为arXiv.org， 沿用至今 。
arXiv成立已近30年， 拥有约180万份预印本， 全部免费提供， 而且每月有超过1.5万份论文提交， 下载量达3000万次 。 十年前， 《自然-光子学》（Nature Photonics）的编辑在评论arXiv创立20周年时写道：“不难看出为什么arXiv的服务会如此受欢迎， 这个系统让研究人员能快速而方便地插上旗帜， 显示他们所做的工作， 同时避免投稿传统同行评议期刊时的麻烦和时间成本 。 ”
arXiv网站的成功也促进了生物学、医学、社会学和其他学科同类预印本网站的繁荣 。 在如今已出版的数万份关于新冠病毒的预印本中就可以看到这种影响 。 “很高兴看到30年前在粒子物理学界之外被认为是异端的方法， 现在被普遍认为是平淡无奇和自然而然的， ”金斯伯格说， “从这个意义上说， 它就像一个成功的研究项目 。 ”
数据浏览器：IPython Notebook （2011年）
2001年， 费尔南多·佩雷斯还是一位希望“寻找拖延症”的研究生， 当时他决定采用Python的一个核心组件 。
Python是一种解释型语言， 这意味着程序是逐行执行的 。 程序员可以使用一种称为“读取-评估-打印循环”（read–evaluate–print loop， 简称REPL）的计算调用和响应工具， 在其中输入代码， 然后由解释器执行代码 。 REPL允许快速探索和迭代， 但佩雷斯指出， Python的REPL并不是为科学目的而构建的 。 例如， 它不允许用户方便地预加载代码模块， 也不允许打开数据可视化 。 因此， 佩雷斯自己编写了另一个版本 。
结果就是IPython的诞生， 这是一个“交互式”Python解释器， 由佩雷斯在2001年12月推出， 共有259行代码 。 十年后， 佩雷斯与物理学家布莱恩·格兰杰和数学家埃文·帕特森合作， 将该工具迁移到web浏览器上， 推出了IPython Notebook， 开启了一场数据科学革命 。
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