从基因研究上看，狗狗的棕色眼睛与蓝色眼睛之间的差别，问题就出现在ALX4基因上游的一个变异上面，哈士奇的这项基因突变，最终产生的影响是让眼睛黑色素合成减少，缺乏色素使得眼睛在反射光线的时候呈现了淡蓝色 。
其实关于眼睛的颜色，在大多数人们的认知里面常常会犯一种错误，比如认为它就是蓝色的，但是事实上这个世界根本没有蓝色色素，哈士奇的眼睛之所以呈现蓝色，是因为光线的进入以及反射的方式，使我们看起来像蓝色而已，就像我们看湖水是蓝色一样，而水本身是没有颜色的 。
世界上有蓝色眼睛的狗狗不少，比如一些边境牧羊犬、潘布鲁克威尔斯柯基犬等等，眼睛都呈现出了蓝色 。
但是哈士奇的蓝眼与这些狗狗的蓝眼又不一样，一般的狗狗眼睛之所以呈现蓝色，主要是隐性基因的表达，而哈士奇的蓝眼，则是显性基因的表达 ， 用最简单的话来说，就是哈士奇的蓝眼更加常见，而其他狗狗想要获得蓝眼睛则不容易，甚至要好几代才能产生一只蓝色眼睛的狗狗 。当得知这种规律的时候，对人们的选择育种工作来说，无疑是帮助非常大的 。
很多人觉得这项研究的意义并不是很大，知道了哈士奇蓝色眼睛是如何来的又能怎样呢？实际上恰恰相反，如今宠物市场正在崛起 ， 而家犬中许多表型性状的遗传与传递仍然没有被发现，所以对于哈士奇蓝色眼睛的研究，是有着十分重要意义的，它对于我们了解狗狗来说，是一项伟大的进步 。
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