命令C（Create Partition）在未使用的空间上创建分区（首先将光标移动到非使用的磁盘空间上），此后需要输入这个分区的大小，和UFS分区类型165，以划分出FreeBSD使用的UFS类型的分区 。如果要创建其他系统使用的分区，需要输入其他类型号，如DOS使用的类型为6 。在上面的例子中已经存在两个分区，一个基本DOS分区和一个扩展分区（第一个部分为系统主引导区），最后剩余的未使用空间太小，已经不足以建立分区了，因此就需要先删除已有分区（D, Delete Slice），或改变原有分区类型（T, Change Type）的命令，直接将硬盘上已有的分区改变为UFS类型，分配给FreeBSD使用 。
当存在多个的分区时，可以使用S（Set Bootable）设置哪个分区是启动分区，用来告诉标准主引导程序启动该分区内操作系统，对于使用多操作系统引导管理程序的时候，如FreeBSD带的Boot Manager，就不需要进行这个设置 。一般如果在安装FreeBSD之前已经安装了DOS/Windows系统的情况下，启动分区是DOS的基本分区 。
在确信完成所有的分区操作，并没有任何错误之后，才能使用W（Write Changes）来将改变真正写入硬盘分区表，否则使用U（Undo All Changes），恢复到操作之前的状态 。然后可以使用Q来退出分区工具 。分区工具接下来将询问这个硬盘使用的启动引导方式，即如何启动这个硬盘上的FreeBSD或其他操作系统 。
当安装启动选项的时候，对于每个硬盘都有三个选择 。第一种BootMgr是使用FreeBSD的Boot Manager作为多操作系统启动管理程序，来选择启动不同磁盘及不同分区上的多个操作系统 。系统将在启动时提示使用者使用功能键F1、F2等来启动对应分区的操作系统，Boot Manager将被安装到磁盘的主引导区及其后的自由空间内，对硬盘分区没有影响 。可以在每个硬盘上都安装Boot Manager，这样就能从第一个磁盘上启动其他磁盘上的Boot Manager，然后再启动该非启动硬盘上的操作系统 。安装Boot Manager，是在一台计算机上管理多个操作系统的很好选择，是将FreeBSD安装到非启动硬盘上的一种有效的启动方式 。
第二种选择为Standard，即使用标准的主引导区启动系统，这种方法由主引导区引导程序将控制权交给位于启动分区开始位置上的操作系统引导程序，然后再载入操作系统 。因此这要求启动分区必须设置正确，需要在前面的操作中要将FreeBSD分区设置为启动分区 。选择此项就将主引导区恢复为标准主引导区，相当于DOS下的fdisk /mbr命令 。
第三种None方式是不改变主引导区，也不安装任何系统引导程序 。当使用其他种类的操作系统引导软件时，如Linux LILO，避免更改主引导区而使得那些操作系统引导程序不能正常运行 。因为此时主引导区被其他引导程序使用，不需要改变 。而此时引导FreeBSD的任务就交给了其他引导软件 。
因为安装程序要更改主引导区，因此需要在BIOS中将主板中用于防病毒的主引导区写保护功能关掉 。
当要在一台计算机使用多个操作系统时，确定系统引导的方式是一个复杂的情况，因为这与要使用的其他操作系统有关，一般情况下都可以使用FreeBSD的Boot Manager对多操作系统进行管理 。但也可以使用Linux LILO、Windows NT OS Loader、OS/2 Boot Manager来管理多操作系统 。但是在多操作系统的条件下，每个操作系统中的一些操作都会重写主引导区，从而造成引导程序出现问题 。尤其DOS/Windows系统，每次重新安装都会不加任何提示重写主引导区，将引导程序恢复为标准引导程序 。
创建文件系统和交换空间
在硬盘分区之后，安装者将进入FreeBSD风格的文件系统管理工具Disklabel，用于管理文件系统和交换空间 。这个工具将对UFS分区进行操作，将它们分割为不同的文件系统上或用作交换空间的部分 。
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