孝孺接过笔，写上“燕贼篡位”几个字后，随即掷笔于地，且哭且骂：“死就死!诏书绝不能写 。”
朱棣勃然变色，提出警告：“你难道不怕灭九族?”
“灭十族又如何?”
“好!”朱棣恶狠狠地说，“我就灭你的十族 。”
于是，朱棣一面命人继续将方孝孺关押狱中，一面搜捕其亲戚家属等人，以及他的学生，算作十族，押解至京 。
在当年的六月二十五日，也就是朱棣登上皇帝宝座的第八天，就在南京的聚宝门，当着方孝孺的面，朱棣将“十族”一个一个地杀戮 。每杀一个追问一声方孝孺，是否回心转意 。当方孝孺看到他的弟弟方孝友受自己的牵连，就要被砍头时，深感痛心，泪流满面 。
方孝孺兄弟三人，感情很好 。哥哥方孝闻早在方孝孺任职汉中府的时候，就已病逝 。方孝孺听到丧讯，悲伤了很久 。而今，弟弟又遭此劫难，方孝孺内心的伤痛无法言说 。他的弟弟孝友却丝毫没有责怪他，反而在死前劝慰其兄，作诗道：
阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间 。
华表柱头千载后，旅魂依旧到家山 。
诛方孝孺十族，死者达八百七十三人，行刑七日方止 。
临到最后杀方孝孺时，方孝孺谩骂不止 。朱棣先是命人将方孝孺的嘴割裂至两耳，并割下舌头，随后处以凌迟之刑 。
死前，年仅四十六岁的方孝孺器宇轩昂，作《绝命词》一首 。
天降乱离兮孰知其由?
奸臣得计兮谋国用犹;
忠臣发愤兮血泪交流!
以此殉君兮抑又何求?
呜呼哀哉兮庶不我尤!
清初史家谷应泰这样叹道：“嗟乎!暴秦之法，罪止三族;强汉之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎!”
舍生取义，还是愚忠?
有明以来，人们都认为方孝孺以一介书生，忠贞不屈，在残酷的屠戮面前无所畏惧，坦然走向死亡，是读书人的楷模 。然而，近来也有很多人提出了不同的意见 。
其一，方孝孺可不可以不死?
【方孝孺真的被诛了十族吗?方孝孺到底犯了什么罪？】方孝孺舍生取义，才留下千古英名;如果他一念之差写了诏书，难道就会遗臭万年吗?就算方孝孺接着为成祖做事，也算不上失节，因为他不是投靠了异族或敌国，就连服务对象的姓氏都没有改变，就像成祖所说的这是他的“家事” 。
魏征在唐太宗李世民夺取政权前，是辅佐太子李建成的，也就是太宗的对立面;李建成被杀，李世民即位后他转而为李世民出谋划策，为“贞观之治”做出重要贡献，成为闻名后世的一代良相 。他死后，李世民十分悲哀并感慨地说：“以铜为镜，可以正衣冠;以古为镜，可以知兴替;以人为镜，可以明得失;今魏征殂逝，遂亡一镜矣 。”
俗话说，清官难断家务事，方孝孺完全可以不死，像魏征一样辅佐新主，建立不世之功勋 。唐代以后谁笑话过魏征?谁也没笑话过，赞美之词倒是不少 。为了朱家的“家事”而慷慨献身，值得吗?
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