2代里，玩家可以选择英美苏德四个国家，而德国又分为东西两个阵营，总共5个阵营 。这五个阵营在机制和单位上都有本质的区别，但是这还不是全部。游戏中，能够决定一场战斗打法的就是指挥官 。玩家在游戏开始要选择3名备选指挥官，每个阵营可以选择的指挥官是不同的，而到了游戏中，你可以根据不同的局势来选择让3名指挥官的其中一人上场 。
指挥官选定过后不能更改，而每名指挥官都拥有独特的技能 。这些技能可能是科技、武器、单位、技能、被动，这些东西都是靠建筑造不出来的，而是需要通过让指挥官升级来解锁技能，并通过技能来使用技能或是招募单位 。也就是说，当玩家选择了不同的指挥官时，哪怕是同一阵营的玩家，也会拿出不同的兵种、不同的武器和打法风格来与敌人作战 。
一般对新手来说，选择一个指挥官慢慢熟悉机制，用好它就需要花很长时间了，而了解其他指挥官，知道他们擅长的打法并知道他们之间的克制关系，则又是在技巧上更进一步 。以上就是《英雄连》相较于其他比较主流的RTS非常具有特色的点了，这款游戏实际游玩过程中战斗会比《星际》、《魔兽》等更加激烈，制作组的设计理念也在很大程度上鼓励玩家互相交火、互相入侵，而且兵种克制关系非常严格 。
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