据说太子朱标病死后（1392），太祖即有立燕王为太子之意，后仍立朱标之次子、年十六之朱允炆为皇太孙 。朱允炆在藩第时即对他的老师黄子澄谈到藩王拥重兵、骄纵不法之事 。即帝位后，他立刻实行削藩的计划 。他最顾忌的是燕王，所以决定先对燕王的同母弟，封在开封的周王下手 。建文帝即位之初即遣将李景隆领兵，道经开封，“猝围王宫”，执周王，将之废为庶人，锢之于南京 。
废周王是建文帝剪除燕王羽翼的第一步，他连接再废四个位居要冲的藩王 。燕王朱棣深知自己是最后被废的目标，于是早作准备 。建文元年（1399）夏，朱棣以“清君侧”为口号反 。此后连续战争三年，1402年，燕兵入南京，宫中起火，建文帝“不知所终”，后得其尸于火中 。民间因怀念建文帝的“仁厚”，盛传他化装为僧人，自地道中逃出 。
建文帝已于城破之日焚死，已有定论 。即令明成祖疑而求之，亦必在国内踪迹之；建文帝如在海外，一鄙夫耳，何用“耗废不赀”以缉之 。建文帝位居大统，有谋臣猛将锐卒而不能守，成祖英挺盖世，大位已若磐石，何至于六次遣人到海外寻一“疑”或未死之鄙夫，事之不近情理有逾此者乎？孟森叹修《明史》之清代史家挟有成见，成见之外，亦见其陋不可及 。
另有一批人认为明成祖通使西洋的原因在于为宫廷寻求珍宝 。按史籍从无成祖奢侈贪佞之记载，且称他“恭行节俭” 。他在军中之日多，常“蔬食”，有方士进“金丹”，帝曰：“此妖人也，令自饵之 。”一位终日以绝漠远征为职旨的君主，不可能嗜好奇珍异宝 。郑和从海外带回来一些“无名宝物”是事实，“无名”是罕见之意，因稀奇之故，乃曰“宝物”耳！成祖不是追求这类什物而屡次大规模遣使，至为明显 。
成祖遣郑和下西洋，负有极重大的政治与军事的使命 。明太祖朱元璋的伐日计划明太祖光复中华后，蒙古的声威仍然照耀四裔，所以他要遣使到四处，昭告海外各国元已覆亡，新政府愿与各国“相安于事，以共享太平之福” 。太祖二年（1369），明廷寄与占城国王玺书，告以“朕主中国，天下方安，恐四夷未知，故遣使以报诸国”，希望各国“安于生业，王亦永保禄位” 。
但亦有不遵太祖诏谕者，如太祖十三年（1380）爪哇“诱（明）使者而杀害之”，占城亦曾诈夺真腊贡明的贡品，类似事件不断发生，明太祖除了遣使谴责，希其勿“干怒中国”，否则“悔将无及而已”之外，实际上并无办法 。此为明成祖通使西洋的首要动机 。其次是日本，太祖留给子孙的《皇明祖训》中说日本“明朝（贡）实诈，暗通奸臣胡惟庸图谋不轨” 。
太祖对与中国有往来的三十六国中，唯独“怒日本特甚” 。蒙古两征日本失败，太祖对此“图谋不轨”的邻国实深具戒心 。他在位时已蓄意兴建海军，不然成祖即位不过三年，如何能立即建立如此强大的舰队？航海人员必须有专业的航海知识，包括天文地理知识在内，两三年内如何能训练完成？建造大型海船的工厂，岂能一蹴而及？胡惟庸案发生于太祖十三年，到郑和首次出使已二十五年，大致胡案发生之后，太祖即有伐日之动机，即开始准备发展海军，成祖只是转变了使用的方向 。
从伐日到对付帖木儿帝国靖难之变持续四年余，明廷同室操戈的消息立即受到蒙古人的重视，以印度为基地的帖木儿闻讯，认为此时是攻明的良机，于是整军经武，纠合大军数十万，准备伐明 。帖木儿适于此际病死（1405），成祖对这件事的警觉性很高 。他一生以蒙古为大敌，经常驻跸燕京，远征到贝加尔湖的主因在此 。帖木儿声势浩大，远非分崩离析的北元可比，他必须未雨绸缪，了解帖木儿帝国后方的情况，最好是能在其后方寻求到与国，断其左臂，所以遣郑和下西洋，这与汉武帝派张骞通西域的鹄的是同工异曲 。
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