军统局四处树敌，与各方势力矛盾重重，也是蒋介石不得不考虑的因素 。1946年1月，国共和谈结束，签订了《会谈纪要》，一个重要内容就是国民党结束训政，召开政协会议，严禁司法和警察以外机关有拘捕、审讯和处罚人民的权力 。蒋介石虽然不打算真正落实，但表面文章总是要做的，这也为他抑制戴笠提供了一个绝佳的机会，他向戴笠下达了撤销军统化整为零的秘密指令 。
接到这个指令，戴笠感到极度的紧张，军统没了，自己也就没了立足之地，他深知，这么多年，自己鞍前马后的为蒋介石办事，解决各种麻烦，现在却越来越感到力不从心了，伴君如伴虎，自己虽然忠心耿耿，但是蒋介石对他却越来越不信任，一直在找机会对军统下手，军统已经从蒋介石的一把利剑变成了他的绊脚石 。既然无法阻止整编，戴笠就在军统局的改组上做起了文章，他制定了一个详细的计划，按照这个计划改组，戴笠将掌控军令部第二厅、内政部警政司、司法行政部，并新成立一个交通警察总局，如果这一番操作完全落实，军统局不但不削弱，势力范围将更加强大 。
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