氮、磷是导致封闭性水体富营养化的主要物质 。许多重金属对人体和水生生物有直接毒害作用 。有机污染物又包括可生物降解和难生物降解污染物 。其中可生物降解污染物降解过程消耗水中的溶解氧，引起水体缺氧和水生生物死亡，破坏水体功能，厌氧条件下有机物被微生物降解产生硫化氢、氨气、低级脂肪酸等有害或恶臭物质 。难生物降解污染物如农药、卤代烃、芳香族化合物等，一般毒性大、化学及生物稳定性强、易于在生物体内富集 。
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