根据基因研究 ， 学术界提出“非洲多地区起源说（African multiregionalism）” ， 即在40万年—1万年间 ， 由于气候原因 ， 非洲大陆被分割成不同的生态区域 ， 生活在不同区域的不同种群的人常常处于半隔离状态独立演化 ， 并产生基因变异；但是隔一段时间 ， 这些人群就会在交界点上发生基因交流 ， 频繁的基因交流最终产生现代人类 。 2020年年初 ， 有研究团队在现代西非人基因组中 ， 发现平均有6.6%到7%的古老基因来自一种“幽灵”古人类群体 ， 这个群体可能就是当初人群基因交流的证据 。
而在关于卡布韦人的研究文章中 ， 研究者也不免猜测 ， 和智人祖先、尼安德特人、纳莱迪人等古老人群生活在同时代的卡布韦人 ， 也许就属于这样的“幽灵人群” 。
不过 ， 古DNA信息极容易被降解 ， 如果降解到一定程度 ， 再先进的DNA测序手段也无法检测 。 距今约700—900万年左右 ， 人与猿就走到了揖别的岔路口 ， 但是迄今为止人类最古老DNA证据 ， 也不超过40万年 。
2019年 ， 《自然》发表一篇题为《DNA ， 请挪步：轮到古蛋白登场揭示人类史了》的报道 ， 似乎带给了学术界新的希望 。
研究者们希望通过对古代蛋白质进行测序 ， 来研究包括佛罗勒斯人在内的更多古老人类（来自《自然》杂志）
同样保存了遗传密码的古蛋白质 ， 似乎比古DNA更加稳定 ， 能够保存的时间更久 ， 留下来的概率也更大 。 古生物学家们甚至在距今1.3亿年前的始孔子鸟羽毛化石中 ， 发现了保存至今的角蛋白 。 难怪有些乐观的学者们认为 ， 未来 ， 古蛋白质组学有希望解锁整棵人类演化树 。
从利用古蛋白在骨骼碎片中寻找人类骨骼、鉴定人类遗骸性别 ， 到仅仅凭借蛋白质序列 ， 就鉴定出夏河丹尼索瓦人 ， 再到从距今180万年格鲁尼亚的德马尼西人遗骸中提取到古蛋白序列 ， 看起来 ， 古蛋白质研究确实势不可挡 。
2020年4月 ， 《自然》再次发表了参与夏河丹尼索瓦人鉴定工作的Frido Welker及其团队的研究成果 ， 此次被研究的先驱人（Homo antecessor） ， 一般被认为是最早到达欧洲西部人科成员 。 根据曾经对骨骼、牙齿形态的研究 ， 研究者认为先驱人既与尼安德特人有相似点 ， 同时具有部分早期现代人的特征 ， 这导致无法判断先驱人与直立人、尼安德特人以及早期现代人的关系 。
而在新的研究中 ， 研究者不但在牙齿中提取到了古蛋白组信息 ， 并且将蛋白质序列与来自格鲁吉亚的直立人、现代人的同类蛋白质进行比较 ， 进而将先驱人放置到人类演化树上相应的位置 ， 即先驱人是后来中晚更新世的古人类——包括现代人、尼安德特人和丹尼索沃人——的一个关系亲密的姐妹谱系 。
根据古蛋白组研究结果重新绘制的系统发育图 ， 黄色箭头所指为先驱人（来自Welker F et al., 2020）
但是不置可否的是 ， 古蛋白研究和测年技术、古DNA研究面临同样的问题 ， 那就是对标本的破坏性 。 同时 ， 蛋白种类繁多 ， 序列及其结构较DNA也更为复杂 ， 所以在实际操作中仍然困难重重 。 例如 ， 蛋白质不能够像核酸序列一样扩增 ， 故检测灵敏度有限 ， 对样本中蛋白含量要求较高 。 此外 ， 对于降解较为严重的样本 ， 很难得到完整的肽段信息用于测序 。
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